Este é um conhecido bug no Nautilus . Atualmente não há nenhuma correção conhecida além de desabilitar o Nautilus na área de trabalho:
A solução temporária que encontrei é desativar a opção 'Tenha o gerenciador de arquivos manipulando a área de trabalho'. Você pode usar o gnome-tweak-tool para fazer isso. A desvantagem é que os ícones da área de trabalho não serão mais mostrados.