Você está correto em que sc
não manipulará essas configurações. Essas configurações são armazenadas no valor REG_BINARY "FailureActions", que é principalmente na natureza opaco. Sua melhor aposta seria definir o valor como você deseja em um serviço de teste e exportar o valor do registro. Você iria importá-lo apenas depois de usar sc
para criar o serviço no seu script de implantação.
A API para manipular essas configurações é ChangeServiceConfig2 e É concebível que você possa codificar algo para manipular os valores conforme desejar, se precisar de flexibilidade.