Você precisa instalar o módulo ngx_headers_more e usar more_clear_headers:
more_clear_headers
syntax: more_clear_headers [-t <content-type list>]... [-s <status-code list>]... <new-header>...
default: no
context: http, server, location, location if
phase: output filter
No seu caso específico, você provavelmente deseja adicionar:
more_clear_headers 'Content-Length';