Isso soa como um bug com algo relacionado a interrupções temporizadas. Basicamente, o kernel está esperando por uma interrupção para dar ao próximo processo um curto período de tempo para ser executado, mas o sinal de interrupção do temporizador nunca é acionado. E mover o mouse também dispara uma interrupção, então é por isso que o kernel começa a programar o tempo para todos os aplicativos novamente.
Eu sugiro que você envie um relatório de bug contra o kernel no Launchpad. A melhor maneira de fazer isso no Ubuntu é executando o seguinte comando:
ubuntu-bug linux
Isso irá coletar informações sobre o seu sistema (coisas como versão do kernel e informações de hardware), enviá-lo para o Launchpad e, em seguida, abrir um navegador para enviar um relatório de bug. Se você ainda não tem uma conta no Launchpad, será solicitado que você crie uma. Certifique-se de explicar bem qual é o seu problema e responda se mais informações forem solicitadas.