Você usou a ordem errada.
-
2>&1
significa que o erro padrão de redirecionamento para a saída padrão e tanto para o terminal -
>> /path/to/logfile
redireciona a saída padrão para o arquivo de log. Você não mencionou o erro padrão, então ele ainda vai para o terminal.
Tente isto:
/path/to/python /path/to/myscript myparam >> /path/to/logfile 2>&1
Certifique-se de que o usuário que executa este script tenha permissão de gravação no arquivo de log.