Na minha opinião, as duas alternativas que você apresenta para backup são uma má ideia. Eu duvido muito que os discos rígidos USB hot-plug estivessem no projeto quando a VMware projetou o sistema de armazenamento de dados. Sim, você pode desmontar os armazenamentos de dados, mas não tenho certeza se o ESXi suporta o uso de dispositivos USB como datastores de qualquer maneira (acho que você descobrirá que o sistema operacional incorporado não pode montar volumes de dispositivos USB).
A passagem USB para dispositivos de armazenamento está disponível no ESXi, mas é necessário desligar a VM para removê-la de forma limpa. Novamente, usar esse mecanismo para backup de rotina é uma má ideia, pois é altamente inconveniente fazer isso de forma limpa. Eu também experimentei corrupção de dados ao conectar um HDD USB a uma VM do CentOS 5.5 no ESXi 4.1 para uma migração ... Eu não confiaria nele para backup.
Um NAS barato recebe meu voto.
Em relação ao uso de VMDKs grandes, não estou ciente de nenhum risco específico desse tamanho, mas não parece uma ótima idéia usar um vmdk fino de 1TB para um NAS, especialmente porque provavelmente haverá muitas gravações .