Existe um bug conhecido com o agendador de tarefas que fará com que ele execute a mesma tarefa duas vezes de vez em quando. Isso acontece quando a tarefa agendada anterior termina exatamente quando a nova tarefa deve começar: o agendador executará a mesma tarefa duas vezes.
Há um hotfix disponível lá: link
Quando nos deparamos com esse problema, nós o corrigimos simplesmente fazendo a tarefa ser executada com menos frequência.