Você precisará usar o "gerenciador de aplicativos da web" para implantar o arquivo war.
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Primeiro: crie um usuário gerenciador para o tomcat6. Edite /var/lib/tomcat6/conf/tomcat-users.xml e adicione algo como o seguinte (lembre-se de usar uma senha única):
role rolename="admin"
role rolename="manager"
usuário username="admin" senha="senha" roles="admin, manager"
(Nota: veja os exemplos em /var/lib/tomcat6/conf/tomcat-users.xml. Estas linhas são tags, mas eu não posso postar tags no AskUbuntu :( Espero que não seja muito confuso.)
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Próximo: reinicie o tomcat:
$ sudo /etc/init.d/tomcat6 restart
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Por fim, abra o link e faça o login com o nome de usuário e a senha que você acabou de definir. Na parte inferior da página, há uma caixa de diálogo que permite selecionar e implantar um arquivo war.
HTH