Por padrão, o apt-get upgrade atualizará somente pacotes que não tenham sofrido alterações em suas dependências. Desta forma, é garantido que nenhum outro pacote seja instalado ou, mais importante, removido do qual outros softwares, não controlados pelo apt, possam depender. Em outras palavras, o apt está tentando fornecer estabilidade máxima ao seu sistema.
Para atualizar esses pacotes adicionais, execute
apt-get dist-upgrade
Isso primeiro mostrará todas as alterações que serão feitas. Você pode abortar isso e usar a lista de pacotes exibidos para descobrir se essas alterações estarão seguras em seu sistema. Depois de se certificar de que as alterações serão aceitáveis, execute o dist-upgrade definitivamente.