Qual aplicativo você usa para copiar / duplicar os dados e entender os links físicos da janela?
Para duplicação de disco / partição baseada em Linux / Unix, eu recomendo que você use um aplicativo que simplesmente faça uma cópia binária da partição, em vez de tentar descobrir os recursos NTFS mais recentes. O aplicativo que estou me referindo é 'dd'.
Não se esqueça que você pode montar imagens ISO e particionar como você pode com um disco rígido externo ou um disco DVD.