Eu finalmente percebi isso. Esqueça tudo o que fiz até agora, tentando fazer isso funcionar. Depois de criar o script wrapper com
rvm wrapper 1.9.2@munin munin
Eu só tive que adicionar o atributo command para a configuração do plugin em questão em /etc/munin/plugin-conf.d/munin-node:
[my_plugin]
group rvm
command /usr/local/rvm/bin/munin_ruby %c
Agora eu posso usar meu gemset munin ou criar um gemset separado para cada plugin.