Você possivelmente está confundindo o WINS e o DNS.
\ server \ share
usa uma entrada WINS que contém o nome NETBIOS para o mapeamento IP
\ server.company.local \ share
usa uma entrada de DNS que contém o FQDN (nome de domínio totalmente qualificado) para o mapeamento de IP
Se você estiver executando um servidor WINS local, você vai querer corrigir o problema que você tem com a entrada do nome netbios do servidor. Você pode modificar manualmente o registro ou apenas excluí-lo e executar o seguinte comando no prompt de comando do seu servidor.
nbtstat -RR
Se você não estiver executando um serviço WINS em sua rede, poderá desativá-lo conforme descrito na outra resposta. O WINS é um serviço legado do Windows que armazena e serve nomes NETBIOS na sua rede. O DNS é um serviço de resolução de nomes de domínio que armazena e disponibiliza registros que contêm o FQDN (nomes de domínio totalmente qualificados, como www.microsoft.com) para mapeamento de IP ou vice-versa. Existem outros registros que podem ser hospedados, mas esses são os dois principais que a maioria das pessoas precisa conhecer.