Seus scripts PHP serão executados se os bits de permissão "X" forem definidos no PHP arquivos ou não. Isso porque o script em si não é um executável autônomo - é apenas um arquivo de entrada para o interpretador PHP, então a permissão "R" é suficiente.
Para um script de shell que começa com uma linha "shebang" (por exemplo, #! / bin / bash), as permissões "X" serão verificadas antes que o SO permita que o script seja executado.
Para diretórios, os bits de permissão "X" são interpretados de forma diferente - em vez de concedendo permissão "executar", eles concedem permissão de "pesquisa" - esse usuário é permitido listar o conteúdo desse diretório?