Com relação aos avisos sobre as propriedades e os comandos do arquivo que foram alterados, você precisará executar o seguinte comando após cada atualização de software e depois de cada alteração de definições do sistema:
rkhunter --propupd
Caso contrário, você não poderá saber se as propriedades foram alteradas devido à sua própria alteração ou devido a um comportamento malicioso. Este comando atualiza o banco de dados de arquivos que o rkhunter conhece.
E ainda melhor: execute rkhunter antes de executar qualquer atualização de software.
Falando sobre atualizações de software, você tem vários aplicativos que são relatados como 'desatualizados'. Você deve verificar se seus repositórios têm versões mais recentes:
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade
Boa caçada!