Isso incomoda o buhjeezuz fora de mim também.
De acordo com a base de conhecimento do Nagios, você não pode:
When using one of the auto-layout modes of the statusmap or statuswrl CGIs you cannot hide the Nagios process icon, nor change its location. Its location is automatically determined, so that it is always at the "root" level of the map.
Você pode querer olhar para o addon Nagvis para mais opções de visualização. É MUITO mais bonito que o mapa de status.