Se você correr
/usr/sbin/apachectl -V
você verá
-D HTTPD_ROOT="/etc/httpd"
e
-D SERVER_CONFIG_FILE="conf/httpd.conf"
que, quando combinados, informará a localização padrão do arquivo de configuração em uma máquina unix.
Não há apachectl para o Windows, mas esta postagem indica que algo semelhante pode ser possível chamando o executável do apache diretamente com os argumentos apropriados.