Os ambientes setuid funcionam muito bem. Se você estiver usando CPanel, você pode configurá-lo facilmente através do easyapache. Se você não é, você tem que configurá-lo manualmente. suPHP é um excelente começo aqui.
Quanto ao motivo pelo qual você deveria se preocupar, trata-se de segurança em camadas. Houve várias explorações PHP que permitem evitar restrições open_basedir. Se essa é sua única proteção, então é possível que alguém possa contornar isso. Se você usar open_basedir e suPHP (com as permissões corretas), estará protegendo seus clientes contra explorações dentro do open_basedir.
O suPHP também torna muito mais fácil encontrar a fonte de abuso. Com apenas open_basedir, você não pode dizer qual processo pertence a qual usuário. Se algum usuário fizesse upload de um script que começasse a consumir toda a CPU, seria preciso uma escavação séria para determinar qual deles. Com suPHP, tudo que você precisa fazer é usar 'top', para ver o usuário abusivo e o caminho completo para o script.