Você pode adicionar um ServerAlias:
<VirtualHost *>
ServerName example.com
ServerAlias example.com.s1.ex.com
DocumentRoot /var/www/example.com
</VirtualHost>
<VirtualHost *>
ServerName example.net
ServerAlias example.net.s1.ex.com
DocumentRoot /home/user2/web/example.net
</VirtualHost>