Usando o bash, na pasta Analysis
, use um loop for simples:
for f in */*/*.nii
do
flstats "${f##*/}" -M
done
*/*/*.nii
expandirá para Patient_01/Brain/image_patient_01_merged.nii
, etc., e ${f##*/}
obterá apenas o nome de arquivo image_patient_01_merged.nii
disso.