Os instaladores desse tipo normalmente não têm uma maneira padrão de se desinstalar. Você vai querer se referir a qualquer documentação que veio com o instalador, ou talvez dar uma olhada em qualquer README instalado. Alguns instaladores desse tipo têm uma opção de desinstalação, outros instalam um binário / script que faz o truque.
Falando particularmente do Mono, no entanto, pelo que posso dizer, eles oferecem RPMs / um repositório Yum para o RHEL / CentOS. Este instalador foi um produto de terceiros ou é uma relíquia de uma maneira anterior de fazer as coisas?