Sim, você pode definir um diretório para importar arquivos no arquivo de configuração do phpMyAdmin ...
Nos documentos link
string $ cfg ['UploadDir'] O nome do diretório onde os arquivos SQL foram carregados por outros meios que não o phpMyAdmin (por exemplo, ftp). Esses arquivos estão disponíveis em uma caixa suspensa quando você clica no banco de dados ou no nome da tabela e, em seguida, na guia Importar.