Se o arquivo que você está substituindo já tiver sido nomeado no specfile (ou seja, você está realmente substituindo-o), será necessário substituir apenas o arquivo durante a compilação (normalmente feito com um patch para a fonte original, mas sempre substitua o arquivo no arquivo de origem original também). Se você está adicionando um arquivo, então você vai querer adicionar o arquivo à seção "% files" do specfile.
Eu recomendo dar uma olhada na série Empacotamento de software com RPM da IBM. É muito bom e te dará muita informação útil sobre o assunto.