Se você tem uma máquina Linux, você pode montar os compartilhamentos cifs, então o utilitário "find" fará o trabalho. Por exemplo,
find /path/to/share -name "*.xyz" -delete
Ou deixe de fora o -delete para ver quais arquivos você está encontrando primeiro, ou "man find" para ver quais outras opções você tem.
A maioria das máquinas Linux terá "encontrar" já instalado, mas se não, pode estar em um pacote chamado "findutils" ou "coreutils".