O rsync fará um backup completo, mas copiando apenas as alterações (se você não se importar tanto com o espaço de armazenamento, sua E / S é importante para você).
Como alternativa, há rdiff ou xdelta vai funcionar para arquivos binários, sua milhagem pode variar dependendo de onde as mudanças ocorrem dentro do arquivo binário para resultar em mudanças eficientes ou não. O XDelta deve funcionar bem para você.