Não deve haver diferença de desempenho mensurável.
O motivo pelo qual 2x2GB custa mais de 4x1GB é que existe um valor implícito na compra de DIMMs maiores, pois é menos provável que você tenha que eliminar os DIMMs maiores se / quando for aumentar a memória novamente.
Se você estiver usando o Windows 2000 Server Standard, a memória endereçável máxima é de 4GB, e não há como ir além disso e você pode simplesmente comprar o 2x1GB - deixando o 4x512MB no servidor (a menos que haja um atrativo razão para jogá-lo fora, caso em que você compraria 4x1GB).
Se você possui Advanced Server ou Enterprise Server, a memória endereçável é maior (8GB e 32GB, respectivamente). Se você acha que vai querer adicionar memória novamente, então comprar o 2x2GB é um bom valor - especialmente porque você pode deixar 4x512MB na placa e ter 6GB no servidor inicialmente.
(PS: Limites de memória para versões do Windows 2000 de 32 bits )