O pacote apt definitivamente não instalará o CDT em seu eclipse existente "install", a menos que você tenha usado o apt originalmente. Mesmo assim, ainda não pode (não tenho certeza se é suposto).
Além disso, certifique-se de que, ao executar o eclipse, você faça
whereis eclipse
para garantir que o caminho esteja apontando para a nova versão do eclipse-cdt.
Eu costumo fazer:
sudo updatedb
locate eclipse