Não tenho conhecimento de nenhum limite específico para o BIND (eu executo vários servidores DNS no BIND com arquivos conf que contêm muitos milhares de zonas). A partir do erro, parece que um ponto-e-vírgula pode estar faltando em algum lugar na frente de uma instrução de zona subseqüente (ou algum outro erro de formatação secundário que esteja interrompendo o processo de análise da configuração).