Se as entradas do crontab forem para funções do sistema, sugiro mantê-las em /etc/cron.d
em arquivos por função e mananging-as lá. Como alternativa, /etc/crontab
também permite que você especifique qual usuário executar as entradas como, então essa também é uma boa opção.
Para acompanhar você tem duas opções. Colete todos os crontabs em um local central ou distribua todos eles de um local central. Ou trabalha; é uma questão de onde você quer que o controle seja.