"Sobrecarga realmente baixa" é um requisito não obrigatório para um servidor de banco de dados. Como você estará usando muitos e muitos ram, você realmente não se importa se o sistema operacional usa alguns megas a mais (particularmente porque as tabelas de páginas para memória de tamanho razoável tipicamente ocupam mais do que o seu kernel na arquitetura x86)
Use o Centos, você sabe que vai funcionar. Ubuntu ou Gentoo, outras estranhas hippies são ótimas para a área de trabalho estranha, mas eu não as deixaria perto de um servidor.
Se você acha que precisa de "baixa sobrecarga", desative algumas coisas desnecessárias. Você economizará alguns 100kb de RAM e se sentirá feliz (quando as tabelas de páginas ocuparem 1G)
Apenas faça o que fizer, não use um sistema operacional de 32 bits. Bancos de dados não funcionam no sistema operacional de 32 bits *, use 64.
* na verdade, eles "funcionam", mas não podem usar o RAM adequadamente no hardware moderno, você também pode executá-lo em um 486 antigo se tiver um sistema operacional de 32 bits.