Por padrão, quando você tenta criar um novo projeto de equipe, o Visual Studio define um caminho padrão para o site do SharePoint.
[SharePoint Server]/sites/[TFS Project Collection Name]/[Team Project Name]
O que você deseja fazer é criar o conjunto de sites para o [Nome da Coleção do Projeto TFS] ou removê-lo e criar o Site do Projeto da Equipe na raiz dos sites.
Espero que isso ajude.