Você provavelmente está perdendo os cabeçalhos do kernel, você pode instalá-los executando:
sudo apt-get install linux-headers-generic
Se você tiver uma atualização de kernel disponível, mas não quiser instalar o novo kernel, instale os cabeçalhos correspondentes ao kernel carregado executando:
sudo apt-get install linux-headers-$(uname -r)
Após a instalação, os módulos do kernel do VirtualBox são (re) construídos automaticamente.