Verifique se você não está usando o modo incorporado. Use o modo daemon em seu lugar. Veja:
para uma explicação de porque o modo incorporado é ruim para ambientes com memória restrita.
BTW, também abandona o mod_python e usa um mod_wsgi mais atualizado, especificamente mod_wsgi 3.X e set:
WSGIRestrictEmbedded On
além de usar o modo daemon para obter ainda mais economia de memória.