Sim, você pode consultar o MSSQL DB a partir do perl. Existem duas opções, através de um DBD :: ODBC , ou DBD::Sybase .
Você não disse o que a caixa é (atualização: estava nas tags). Se a caixa for MS, o ODBC será mais fácil. Se não for provavelmente Sybase. Graças ao FreeTDS, ambos são possíveis.
Eu vou um passo além e digo ODBC é uma camada de abstração DBI, a conectividade do Sybase deve funcionar para o ODBC funcionar, então é sempre mais um passo.