gracioso (por exemplo, apachectl gracioso) só reinicia totalmente o Apache quando todos os encadeamentos terminam de funcionar, o que impede que as conexões existentes sejam descartadas. Se você tiver conexões existentes (por qualquer motivo, grandes downloads de arquivos em andamento, etc.), ele aguardará até que sejam concluídas antes da reinicialização.
Do homem apachectl:
graceful Gracefully restarts the Apache daemon by sending
it a SIGUSR1. If the daemon is not running, it
is started. This differs from a normal restart
in that currently open connections are not
aborted.
Se você quiser forçar suas alterações, precisará realizar uma reinicialização imediata adequada (por exemplo, reiniciar o apachectl).