Por que você está destacando o Remote Desktop? Por que não incluir VNC, GoToMyPC e assim por diante?
Não há uma maneira infalível de fazer isso realmente. Se você se esforçar para bloquear o máximo possível, terá que trabalhar muito.
Você pode configurar seu firewall para bloquear tudo, exceto o que você permitir explicitamente e, em seguida, permitir apenas as coisas que você controla. Dê aos seus administradores uma maneira de abrir temporariamente furos ou vpn ao redor do firewall. Você não pode simplesmente bloquear a porta comum para seus usuários, já que os usuários podem simplesmente configurar um VPN / Tunnel de algum tipo.
Ou você pode usar uma ferramenta para criar uma lista branca de todos os aplicativos permitidos em suas máquinas e bloquear todo o resto.