Para o apache "normal" (estático) e se você restringir o exemplo a um cenário apertado de 1: 1: não, não importa. Hipoteticamente, se você misturar, mascarar e perder a noção de quais permissões são herdadas, talvez expor algo que você não quis dizer.
Acredito que o mais importante é facilitar a criação de uma ramificação de código distinta (e possivelmente, portanto, gravada nela) por um usuário separado daquele usado para o servidor da Web e a raiz do documento. Isso é necessário para uma embalagem confiável, e a embalagem confiável é uma parte importante da segurança a longo prazo.
Tenha também em mente que os módulos do Apache podem ser bastante flexíveis. Portanto, embora o material principal do apache não se comporte de maneira diferente, os módulos de autenticação de terceiros ou até mesmo as configurações do php, como open_basedir e include_path, podem variar o comportamento.