Você está certo de que esse não é o comportamento esperado. As configurações do ADSI ou do Gerenciador do IIS devem ser aplicadas imediatamente e ser vistas pelo outro.
Tente olhar diretamente para metabase.xml para ver se você sabe o que está acontecendo. Pode haver alguma confusão de herança.
metabase.xml está localizado em c: \ windows \ system32 \ inetsrv \ metabase.xml.
Se você quiser editar o metabase.xml com um editor de texto, ative a edição direta da metabase (segura para fazer isso) no Gerenciador do IIS - > propriedades de nível superior.