Como Trondh diz, parte do sistema Windows Installer é a ideia dos arquivos de transformação MST.
Um arquivo de transformação é um registro de todas as coisas que você faz ao instalar esse software; qual pasta instalar, quais componentes instalar, quais opções você escolhe na configuração, qual arquivo de configuração você pode copiar especialmente depois, etc. Você pode então pegar este arquivo MST e executá-lo junto com o MSI para fazer uma "instalação silenciosa" "que será instalado totalmente desacompanhado sem interação do usuário por meio de vários métodos de implantação (Diretiva de Grupo, SCCM, Altiris DS, etc). Você usaria um comando como este para instalar:
msiexec /i software.msi TRANSFORMS=software_transforms.mst /qn
Há uma variedade de softwares que você pode usar para capturar essas transformações, incluindo o Wise Package Studio, o Acresso AdminStudio, o ScriptLogic MSIStudio e assim por diante. Também a Microsoft tem algumas ferramentas gratuitas para manipulá-las diretamente, você pode usar coisas como o Orca da Microsoft para editar um MST ou MSI diretamente se você já tiver um MST e só precisar alterar alguns valores em suas tabelas.