Você pode determinar os recursos de uma partição ext3 existente usando:
tune2fs -l <device>
Para identificar as diferenças entre dois sistemas de arquivos criados por suas diferentes versões do kernel / e2fsprogs, sugiro formatar uma partição em cada uma e comparar a tune2fs
output.
Você pode então remover os recursos ofensivos das partições existentes usando:
debugfs -w <device> -R 'features ^<feature>'
Como alternativa, você pode desativar um determinado recurso no ponto em que originalmente formatou o FS:
mkfs.ext3 -O '^<feature>' <device>