A Microsoft não suporta o SQL 2000 no Windows 2008, mas isso não significa que não funcionará (como você já descobriu). É claro, você poderia colocá-lo em produção e, em seguida, encontrar algum truque estranho que afeta a disponibilidade após o fato e se você ligasse para a Microsoft sobre isso, eles não ajudariam muito.
Tudo o que foi dito, você disse que está executando isso como uma VM, então o fato de o servidor host estar executando o Windows 2008 não tem impacto no sistema operacional em execução na máquina virtual que hospeda o SQL 2000. Se fosse eu , Criaria uma máquina virtual Windows 2003 R2 e instalaria o SQL 2000 lá para que você tenha uma configuração válida e válida.