O ambiente misto que você descreve é de fato um ambiente suportado para o VMM 2008 R2 ( este FAQ lista as plataformas de virtualização suportadas).
Gostaria de sugerir que você analise as etapas descritas em postagem no blog no TechNet para garantir que você não perdeu nada (especialmente a atualização pós-atualização de cada uma das entidades gerenciadas com o novo agente).
Detalhes adicionais sobre o processo de atualização do VMM podem ser encontrados no Guia de Implantação do VMM 2008 R2 no VMM TechNet .