Se você definir o serviço como manual, poderá criar um arquivo em lotes ou dois para iniciá-lo e interrompê-lo sem entrar no menu de serviços. Os comandos seriam:
net start SQLAgent $ instancename
net stop SQLAgent $ instancename
O exemplo seria net start SQLAgent $ MICROSOFTSMLBIZ para uma instância do BCM.
Semelhante ao agente, o próprio servidor seria:
net start MSSQL $ nome da instância net stop MSSQL $ instancename