Se você estiver usando os pacotes padrão, acredito que eles enviem para o syslog. Você pode verificar o arquivo /etc/init.d/tomcat6 e verificar onde -outfile e -errfile estão configurados. Se é SYSLOG então vai para o syslog, senão é um nome de arquivo.
A razão para isso é porque, se estiver definida para um nome de arquivo, é impossível girar os logs como eles sempre são mantidos abertos. Você precisaria reiniciar o tomcat para girá-los. Eles apenas continuarão crescendo e crescendo. Acredito que um bug foi registrado contra o commons-daemon para permitir que os arquivos sejam reabertos em um sinal, mas não sei se já foi corrigido.