Você pode tentar o procedimento descrito nesta página:
Instale um script perl como um serviço do Windows NT / 2000 / XP.
This perl script uses srvany and instsrv (two free programs from Microsoft; put on my perlmonk.org website for ease of linking) to install a perl script as a Windows NT/2000/XP service.
Nos comentários da mesma página, há algumas opções interessantes:
I prefer to compile my scripts with perl2exe and install the binary as a service. I've used instsrv and srvany, but I prefer to use the freely available FireDaemon.
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You might also consider Win32::Daemon for a pure-perl solution.
Como alternativa, você também pode tentar ExeService , um programa que permite executar executáveis, scripts e comandos como Serviços do Windows. .