Qualquer que seja a solução de backup escolhida, se você tiver dados confidenciais para backup, deve ter o cuidado de usar algo que criptografa seus dados no lado do cliente para protegê-los de invasores invadindo seu servidor. O Rsync não faz isso. A Duplicidade seria mais adequada para o trabalho.
Estou usando o Duplicity mais um pequeno script perl wrapper para fazer backup de 10 Gig de dados em um servidor remoto. Funciona bem e até me fornece backups incrementais, para que eu possa recuperar dados como há alguns dias atrás.