I do have a backup domain controller but do not currently know how to configure file replication on it. (I understand this is possible also)
Geralmente, a replicação de arquivos não oferece um backup muito útil. Sim, ajudará se todas as suas unidades morrerem no servidor principal, mas se alguém excluir algo que não deveria ter sido excluído, a exclusão será rapidamente replicada do sistema principal para o backup.
Você deve ter pelo menos um backup e, de preferência, mais, em um determinado momento, completamente off-line e separado para o sistema de produção. Dessa forma, se algo catastrófico acontecer, você ainda terá uma cópia dos seus dados que é segura.
I am looking at setting up a backup solution... well including in my backup solution actually... an external harddrive on my main file server. I then use something like Microsoft SyncToy to 'sync' data onto the external hard drive.
Copiar seus arquivos para uma unidade portátil parece ser uma solução útil. Eu suspeito que eu iria fazer um script de backup com robocopy em vez de tentar usar o SyncToy. SyncToy realmente não parece algo que eu gostaria de confiar no meu backup também. Você realmente não precisa nem mesmo de uma sincronização completa, já que durante os backups normais seus dados devem estar indo somente em uma direção.