Até onde eu sei, não há como configurar respostas http personalizadas apenas por meio de alterações no arquivo FTP (em uma instalação padrão do IIS 6.0).
Deve ser possível usar ferramentas de terceiros, como IsapiRewrite , que é configurado usando um arquivo httpd.ini
na raiz da sua web . Usamos isso para filtragem e redirecionamento de URL, mas tenho certeza que você pode definir regras para páginas 404 personalizadas também.