Não há motivo para você normalmente precisar do Serviço de Indexação ativado em um servidor Sql Server 2005+, mesmo se estiver usando o FTS (no Sql 2005 e além, o Sql usa seu próprio serviço de indexação, MSFTESQL ou Sql Service FullText Search). Eu pensei que o serviço em si estava desativado por padrão no Server 2003+ de qualquer forma? Naturalmente, independentemente do que é verificado para cada pasta LUN / no seu servidor, se o serviço for interrompido, não será indexado.