A resolução de problemas de permissões pode ser um desafio, mas no final do dia, eis o que penso:
Os usuários podem acessar os diretórios, independentemente de sua participação nos grupos que você criou, pois os usuários são membros do grupo de usuários locais, que tem acesso aos diretórios. Na maior parte, as permissões são cumulativas e as permissões menos restritivas são aplicadas, exceto nos casos de permissões explicitamente definidas (Permitir ou Negar). Para alcançar as restrições desejadas, você tem duas opções:
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Faça o que você já fez e defina um Deny explícito nos diretórios para os grupos que você não deseja ter acesso.
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Remova a herança de permissões dos diretórios, remova o grupo de usuários locais das permissões nos diretórios e defina um Permitir explícito nos diretórios para os grupos que você deseja ter acesso.