Eu não acredito que existam scripts para mover um diretório virtual.
Acredito que qualquer tipo de script para fazer isso simplesmente copie as propriedades para uma variável, exclua o original e crie o novo a partir das variáveis armazenadas.
Não deve demorar muito tempo para criar ... Você pode criar o novo antes de excluir o antigo para garantir que ele funcione.
Basta ir ao IIS, clicar no site, clicar com o botão direito e, em seguida, novo > Diretório virtual.